Une masse d'eau souterraine est un volume distinct d'eau souterraine à l'intérieur d'un ou de plusieurs aquifères, constituant le découpage élémentaire des milieux aquatiques destinée à être l'unité d'évaluation de la DCE. Elle permet de définir les objectifs environnementaux, d’évaluer l’état des milieux et ultérieurement de vérifier l’atteinte de ces objectifs.

Les masses d'eau souterraine, s’appuyant sur les travaux réalisés sur le référentiel hydrogéologique BDRHF V1 ont été identifiées et délimitées pour la première fois en 2004 puis ont été mises à jour en 2010. Elles ont fait l’objet du rapportage à la Commission Européenne sur la mise en œuvre de la DCE le 22 mars 2010, puis d’un rapportage correctif en février 2011, prenant ainsi en compte les dernières mises à jour. Une version provisoire définie pour l'état des lieux 2013 à été publiée en 2015.

La version désormais diffusée sur le site du SANDRE est conforme au rapportage de 2016 . La prochaine version du référentiel Masse d’eau (masses d’eau provisoires, définies pour l’Etat des Lieux) est prévu pour 2019.

Les couches sont diffusées dans un format conforme au dictionnaire de données SANDRE du Référentiel masse d’eau, version 1.3.

Le découpage retenu pour les masses d’eau répond aux quelques grands principes exposés ci-après :

Les masses d’eau sont délimitées sur la base de critères géologiques et hydrogéologiques,

Le redécoupage des masses d’eau pour tenir compte des effets des pressions anthropiques doit rester limité.

Les limites des masses d’eau doivent être stables et durables

A l’image des masses d’eau superficielle, la délimitation des masses d’eau souterraine est organisée à partir d’une typologie. Cette typologie s’inspire largement de celle élaborée pour les entités hydrogéologiques définies dans le cadre de la révision de la BD RHF. Elle est basée sur la nature géologique et le comportement hydrodynamique ou fonctionnement « en grand » des systèmes aquifères (nature, vitesse des écoulements). Elle comprend deux niveaux de caractéristiques, principales et secondaires.

Les masses d’eau peuvent avoir des échanges entre elles.

Tous les captages d’Alimentation en Eau Potable, fournissant plus de 10 m3/jour d’eau potable ou utilisés pour l’alimentation en eau de plus de 50 personnes, doivent être inclus dans une masse d’eau.

Les eaux souterraines profondes, sans lien avec les cours d’eau et les écosystèmes de surface, dans lesquelles il ne s’effectue aucun prélèvement et qui ne sont pas susceptibles d’être utilisées pour l’eau potable en raison de leur qualité (salinité, température…), ou pour des motifs technico-économiques (coût du captage disproportionné) peuvent ne pas constituer des masses d’eau.

Compte tenu de sa taille, une masse d’eau pourra présenter une certaine hétérogénéité spatiale tant au niveau de ses caractéristiques hydrogéologiques que de son état qualitatif et quantitatif.

En un point quelconque plusieurs masses d’eau peuvent se superposer.